A Ubisoft inseriu um novo protagonista conhecido como Edward Kenway, um jovem britânico amante do perigo e apaixonado por aventura, que ocupava a posição de corsário da Marinha Real e logo virou um pirata, assim, que a guerra entre os grandes impérios chegou ao fim. Edward é um pirata feroz e um lutador experiente, que logo se vê envolvido na antiga guerra entre Assassinos e Templários. O jogo nos levará para uma viagem pelas Índias Ocidentais durante um turbulento e violento período, que depois ficaria conhecido como a Era de Ouro da Pirataria. Após sua decisão Edward em ajudar os Assassinos estava realmente envolvido na velha guerra entre os Templários e Assassinos, trazendo todos os seus herdeiros Haytham Kenway (filho de Edward -Templário) e Connor Kenway (neto de Edward – Assassino), para entrar no projeto Animus como podemos presenciar também em outros jogos como Assassin's Creed 3. Dessa forma, tudo acontece nos mares do Caribe, que na verdade, é um terreno fértil para os desejos de expansão e controle dos Templários, que, naturalmente, enviarão seus agentes para tentar controlar os conflitos diários entre Ingleses e Espanhóis, além de focar os esforços destes dois países no objetivo comum de esmagar os poucos piratas que operam na área.